抗日战争胜利后不久，正当全国人民期待和平到来的时候，国民党反动派却违背人民意志发动内战，将本已灾难深重的国家和人民又一次拖入深重灾难。

全面内战爆发后，国内经济危机日趋严重，教育事业也遭到严重破坏。斯年秋，国民政府教育部压缩教育经费，下令停办交大航海、轮机二科以及水利、纺织、化工3个工程系。消息传至学校，师生群情激奋，数次请愿要求收回部令，但均无果，而且还得到校名“交通”也将更改的回复。得知此消息后，师生们更为震怒，一场大规模的护校运动全面展开。

1947年5月13日清晨，交大地下党组织领导全校近2800名学生登上请愿卡车前往火车站。为阻止学生赴京，上海市政府下令停开前往南京的火车，并派出军警阻拦，但学生们并未屈服。“没有火车，我们自己开！”机械系学生找来机车和车厢，自驾着向南京驶去。政府当局拆除前方铁轨，迫使列车停止运行。“没有铁轨，我们自己铺！”土木系的学生们立即下车，重新铺好铁轨继续前进。国民政府被交大学生护校的气势震慑，协商后做出书面答复：“同意交大校名不更改，轮机、航海两科不停办，增加学校经费……”学生们这才在热烈的欢呼声中返回学校。

交大这场护校运动是师生们对国民党反动派的一次英勇斗争，也是国民党统治区内爱国民主运动的重要组成部分。新中国成立后，毛泽东提起交大时曾提及此事：“就是那个学生自己开火车到南京请愿的交通大学。”

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